自從基因改造食品出現以來，所引發的爭議與疑慮從來沒有停過，也不乏知名大廠以「非基因改造」作為產品的訴求與賣點。其實在農產品「品種改良」的方法中，基因改造只是其中之一而已。拜品種改良技術之賜，農夫可以生產出更多更好的農產品，消費者也享受得到又好吃又便宜的食物。以往在執行品種改良的工作﹐它需要反覆的配種，才會產生理想的新品種，費時費力，還不一定成功。基因工程技術發展出來以後，只要在作物中植入或改變部份基因，就可以方便又精準地發展出想要的新品種。使農作物的營養價值更高，產量更大，對病蟲害的抵抗力更強，更耐儲存，更適合在本地生長...。目前這項技術在雜糧作物（如黃豆﹑玉米﹑小麥﹑馬鈴薯等）的運用最為廣泛。報載美國耕種之農產品有74%是基因改造產品，為世界第一大基因改造食品生產國。台灣每年從美國大量進口黃豆、玉米、小麥等農產品，基因改造食品早就充斥在生活之中了。

從科技的角度來說，基因改造食品應該是用來造福人類的，怎麼會引起這麼多有識之士的質疑與反對？科學家們殫精竭慮的研究，本來也是為人類謀福祉的，毋庸置疑。只是人不是上帝，卻作了上帝在作的事情，會不會捅出什麼亂子沒有人知道。例如說，會不會弄出一些意料之外的毒素與過敏原，在美國，曾傳出因為食用添加了基因改造細菌生產的色胺酸食品而死亡的案例。在歐洲也有基因改造食品對老鼠健康產生負面結果的研究。但是到目前為止，並沒有證據說明，基因改造食品對人體的健康是有害的。

另一群對基因食品採取反對態度的是自然生態保育人士。它們擔心新品種對自然生態可能造成的混亂與浩劫。已有蜜蜂及蝴蝶幼蟲因為吃到基因作物的花粉致使死亡率增高的報告。更有人擔心，基改新品種和原有品種雜交後是否產生更新的「怪胎」品種？或是抗病蟲害的新品種出現後，是否也使害蟲演化成新的「怪胎」﹐無法撲滅﹐而導致不可收拾的結果…類似的疑慮，也成了好萊塢電影工業的好素材（看看電影『侏儸紀公園』吧！）。有人認為這些危險只有在科幻電影中看得到﹐真實世界中出事的機率微乎其微。也有人認為這些都是合理的疑慮，畢竟人不是上帝，有些事不是人可以掌控的。

近年來自然養生的思維被越來越多人所接受，基因改造食品品種改良過程的「不自然」也讓這些朋友產生更多疑慮，大部份國家的有機食品管理與驗證(含台灣)，是不允許基因改造食品當成有機農產品，或是有機食品中含有基因改造食品成份的。

歐洲與美國對於基因改造食品的態度有著根本的差異。美國是把基因改造視為新的生物科技，藉此增加農產品的產值與生產量，並且創造貿易與商業的優勢。但是在歐洲，和生命有關的議題往往會從宗教與神學的角度討論，對於「未知的」領域也有更大的敬畏，所以對於基因改造這樣的生物技術懷有更多的疑慮。英國王儲查察爾斯王子更點明基因食品「僭越到上帝的領域」。中國大陸則是致力發展，藉以提高產量。

這個議題不論是對國家與民眾來說，都是一個決擇，對國家而言，要思考的是要和美國與中國大陸一樣努力發展基因改造技術(多一點科技)，還是如歐洲國家般地有所保留(多一點敬天)？對於消費大眾而言，則是要藉由消費行為來決定是否要讓這項新科技走入自己飲食生活中。保障消費者知的權利是政府該作的事，基因改造食品的的標示與管理制度是否能落實，則是農政與衛生單位不能不作的功課。