部分館、場六月將開放的國立海洋科技博物館，計畫以兩年時間在鄰近海灣復育魚類，打造台灣第一個研究型海洋牧場。海洋牧場復育的海洋生物，將以本土魚群為主，初期提供研究海洋新科技與生態導覽教育用途。
國立海科館所屬的區域探索館、海洋電影劇場，預定今年六月開放參觀，全館各廳、場則要等到年底或明年初對外營運。海科館籌備處主任柯永澤表示，第二階段將全力打造台灣首座海洋牧場，希望讓海洋科技教育與海洋生態保育理念向下扎根。
柯永澤透露，海洋生態牧場位於館舍旁大海灣（西岸的望海巷、東岸的番仔灣澳），海科館助理研究員邱瑞焜表示，海洋牧場是新的養殖型態，類似陸地的放牧牛羊觀念，運用音訓科技，在海灣的開放海域馴養魚群。餵食時間到了，運用音訓來吸引魚群，其他時間就放任魚群活動。
當魚群長大，達到市場收成價值，則運用音訓吸引魚群聚集，方便漁船鎖定魚群位置，有效率地捕撈，也能有效控管魚群數量，避免濫捕而造成漁業資源枯竭。不過，初期暫未考慮商業營運。
柯永澤解釋，海科館旁的大海灣，海水清澈，無工廠廢水汙染，將全力復育軟絲（小管）、珊瑚、魚類等。在二年海灣復育階段，漁民雖然禁止捕抓漁獲，但仍可駕駛漁船，搭載遊客出海，進行海灣生態導覽，增加收入。
邱瑞焜補充，因為環境變遷、人為過於捕撈，海科館鄰近海灣的軟絲族群數量逐年減少。海科館研究員這三年來已在海灣水下放置以桂竹搭蓋的人工漁礁，提供軟絲安全棲地與產卵的家，藉以增加軟絲族群的成長數量。
另外，除了打造海洋牧場，海科館也同時將在海灣的西岸與東岸，成立台灣最大的海上娛樂運動區，發展無動力與無汙染的浮潛、潛水、獨木舟、風帆等運動，為基隆市八斗子地區與新北市瑞芳區居民帶來觀光收益。
海科館主題館內部有九個主題廳，包括，船舶與海洋工程廳、海洋科學廳、海洋環境廳、兒童廳、深海影像廳、深海展示廳、水產廳、海洋文化廳、特展廳。至於館外的兩小館，包括，區域探索館、IMAX海洋電影劇場，六月將開幕。